Klor eskiden beri en yaygın kullanılan dezenfektandır. Yaygın kullanımda klorun ucuz bir dezenfeksiyon sistemi almasının yanı sıra kalıcı bir etkiye sahip olması da önemli bir etkendir. Klor suya karıştığı anda suyun içindeki bazı organik maddeler ve ağır metallerle reaksiyona geçer. Tüm reaksiyonlar meydana geldikten sonra 0,5 mg/lt serbest bakiye klorun suda bıkılması nihai kullanım noktasına kadar mikroorganizmal kirlenmeye açık hale gelecektir. Klorlanmış su aktif karbon sistemden geçirilse bile 0,1mgh/lt bakiye klorun by-pass edilmesi tavsiye edilir.

Ancak klorun suyun içindeki bir takım organik maddelerle birleşerek insan sağlığına zararlı kansorejen kimyasal birleşiklerin (trihalometan kloroform vb.) oluşumuna sebebiyet verdiği bilinmektedir. Klor kullanımı kontrolsüz yapıldığı takdirde bu tip kimyasalların oluşumu mümkündür. Bu sebepten dolayı suyun dezefsiyonu amacıyla değişik kimyasalların kullanımı da her geçen gün artmaktadır. Ancak günümüzde klor halen en sık kullanılan dezenfektandır.

Suyun dezenfeksiyonu amacıyla kullanılan bir diğer yöntem ise Ultraviyole Dezenfeksiyonudur. Bu yöntemde dalga boyu 254,7 nanometre olan ültraviyole ışınımı kullanılır. Bu ışınım suyun içindeki mikroorganizmaların DNA yapısında bozulmaya sebep olup üremeyi engeller. Ultraviyole sistemler dezenfeksiyon amacıyla oldukça yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Ancak bu sistemlerde dikkat edilmesi gereken konu sistemin nihai kullanıma mümkün olduğunca en yakın yere konmasıdır. Ayrıca sistemden çıkan su özellikle atmosfere açık ayrı bir üniteye girmemeli ve bekletmeden kullanılmalıdır. Ayrıca voltaj düşmeleri veya elektirik kesintilerinde sistemin bir jeneratör sistemine bağlı olması faydalı olacaktır. Sadece yüzde 10’luk bir voltaj düşümü sistemin etkinliğini%20 oranında azaltabilmektedir. Ultraviyole sistemlerin estetik olarak görünümü bulanık olan sularda kullanılması durumunda suyun UV ünite öncesinde hassas partikül tutma kabiliyetine sahip tortu filtrelerinden geçirilerek bulanıklığının giderilmesi şarttır. Zira mikroorganizmalar büyük partiküllerin ışınımı engellenmesi sonucu UV üniteden canlı çıkabilmektedir. UV ünitelerin ayrıca periyodik bakımı önemlidir. Senede bir kere UV lamba değişimi ve ham su kalitesini bağlı olarak periyodik olarak kuvars cam temizliğinin yapılması çok önemlidir. Bu temizliğin yapılmaması UV ışınım etkinliğini azaltacaktır.